Относительно времени построения Златоустинской (Мироносицкой) церкви существуют различные сведения. Некоторые авторы относят церковь к началу XVIII века, другие считают, что этот храм мог быть построен и в XVI веке.
Церковь Иоанна Залатоуста и Жен Мироносиц в архитектурном отношении храм Иоанна Златоуста имеет прямые аналоги в монастырском зодчестве, в частности, подобная церковь имеется в Спасо-Прилуцком монастыре (теплая церковь Введения во храм Пресвятой Богородицы, вторая по-ловина XVI — XVII век).
Церковь Иоанна Залатоуста и Жен Мироносиц - двухэтажный Златоустинский храм по своему живописному объемному построению близок церкви Константина и Елены: двусветный куб на подклете, также завершенный пятью крупными куполами глав, с пониженными прямоугольными пристройками — алтарем и папертью, и колокольней у северо-западного угла. Звонница — самая удачная и типичная часть храма. На широкий мощный четверик поставлен сравнительно узкий восьмерик звона, покрытый пирамидальным каменным шатром со слуховыми окнами, идущими в два ряда, и завершенным главой.
Церковь Иоанна Залатоуста и Жен Мироносиц является одним из первых двухэтажных храмов Вологды со времени начала их постройки. Златоустинская церковь состояла из двух помещений: нижней церкви, устланной чугунным полом, и церкви верхней. Таким образом, в этом храме полностью отразилась идея преемственности двойных вологодских церквей, холодной и теплой, объединенных в одном здании. Престол верхней церкви был освящен во имя Иоанна Златоуста, престол нижней церкви — во имя Жен Мироносиц.